畜禽粪便虽然是很好的有机肥，但若将未腐熟的畜禽粪便直接施入农田或单纯烘干后充作有机肥，弊病很多，归纳如下：

    a. 病虫害传染：未腐熟有机物质直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，对农产品食用者的健康也产生影响；

    b. 发酵烧苗：不发酵的生粪施到地里后，当水分等发酵条件具备时生粪开始发酵，发酵产生的热量会影响作物生长；

    c.土壤缺氧：有机物质在分解过程中消耗土壤中的氧气，会使作物生长受到抑制。 所以需经过堆肥腐熟，达到无害化处理后才能放心施用；

    d. 肥效缓慢：未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化才能被作物吸收利用；

    e. 体积庞大：未经发酵腐熟直接施用，粪便体积大、含水高，运输和使用都非常不便。所以要经过堆肥腐熟，达到无害化处理后才能放心施用。

    传统的堆肥为自然堆肥法，无需设备但占地大、腐熟慢、品质差、效率低，而且劳动强度大、周围环境恶劣。现代好氧堆肥是利用堆肥翻抛设备使畜禽粪便在有氧条件下利用好氧微生物作用达到稳定化、无害化，进而转变为优质肥的方法。比较而言，好氧堆肥具有工艺简单、投资少、运行费用低的特点，能有效杀灭病原微生物，是一种有效、经济的合理处理处置方式，得到了国内外广泛的应用。